AVYshntool Почитал ман по shntool.
Богатая софтина. Правда ее чаще используют с точностью до наоборот - разрезать один файл по кую.
Но поскольку join mode там тоже наличествует, должна и собирать.
Жаль вот только, что в репозитории софта этого нет. А ставить из исходников

Во-первых линукс не сказать, чтобы стандартный.
Во-вторых не силен

Зато есть возможность работать с ffmpeg.
Он ведь может все (ну или почти все)
Может у кого получилось собрать файлы в один при помощи ffmpeg?
Добавление от 04.04.2020 22:53:
Попробовал работать с ffmpeg.
Все очень грустно. Даже пару файлов в один объединить не удалось
Вот такая команда
ffmpeg -i "concat:file1.flac|file2.flac" -acodec copy output.flac начинает записывать в файл. Когда нужно писать второй файл - вылетает с ошибками.
(хотя такая команда везде прописана как способ объединения для mp3 файлов)
Вообще я заметил, что обратное действие (порезать один файл на треки, взяв инфу из cue) намного более востребована.
Видать придется по старинке - в виндах фубаром
